Saudekov  otac je bio Jevrejin pa je porodica u vreme drugog svetskog rata proterana iz Češke. Veliki broj članova njegove porodice je umro u Heresenštat logoru tokom II svetskog rata. Jan i njegov brat blizanac Karel držani su u dečjem koncentracionom logoru u blizini poljske granice. On je preživeo rat i radio za štampariji počevši od 1950. Nakon završetka vojnog roka 1963, je  rešio da uz pomoć porodice Steichen  postane umetnički fotograf. Godine 1969 je boravio je u SAD gde je njegov rad zapazio Hju Edvards.

Po povratku u Prag,  bio primoran da radi tajno u podrumu, kako bi izbegao tajnu policiju, koja je osporavala njegov rad okrenut temama lične erotske slobode. Od kraja 1970-ih je postepeno postaje priznat na Zapadu, kao vodeći češki fotograf.

Godine 1983 izdaje prva knjigu o svom radu za englesko govorno područje. Nakon toga, 1984 komunističke vlasti mu dozvoljavaju da prestane da radi u fabrici, i daje mu dozvolu da radi kao umetnik. U 1987 su iz njegove arhive odnešeni negativni od strane policije, ali je kasnije ipak sve vraćeno.

Saudek trenutno živi i radi u Pragu. Njegov brat Karela Saudek je takođe umetnik, i sada je najpoznatiji češki grafičar. Pogledajte par fotografija ovog fenomenalnog umetnika.